Han pasado dos años desde que Red y sus amigos derrotaron al Equipo Rocket en Silph S.A.
Bruno, un miembro del Alto Mando, lanzó un reto para Red. Él salió a enfrentar el desafío con valentía, pero desapareció. Pikachu fue el único que regresó pero sus heridas son graves.
Yellow tomó a Pikachu bajo su cuidado y partió en busca de Red, pero entonces el Alto Mando…
