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En 1972, un popular y carismático estudiante llamado Misaki Yomiyama perteneciente a la clase 3-3 de la escuela Yomiyama del Norte, murió repentinamente a mitad del año escolar. Devastados por la pérdida, sus compañeros y maestro actuaron como si Misaki todavía estuviese vivo e incluso reservaron un lugar para él en la ceremonia de graduación. Lo que fue aún más elocuente, fue que Misaki apareció en la fotografía de la graduación. En la primavera de 1998, el estudiante de noveno año Kōichi Sakakibara se traslada de Tokio a Yomiyama, la ciudad natal de su fallecida madre, debido a que su padre ha ido a trabajar en una investigación a la India. Su traslado fue a la escuela Yomiyama del Norte en la clase 3-3. A causa de un neumotórax, Kōichi tuvo que ser hospitalizado justo antes de comenzar las clases. Durante su hospitalización los representantes de la clase, Tomohiko Kazami y Yukari Sakuragi, le visitan y dan la bienvenida a la escuela, aunque de una manera muy sombría.